إعتقل محمد سعيد الحكيم من قبل قوات الأمن العراقية في يوم 10 أيار / مايو من سنة 1983 وأودع إلى السجن وقد مكث الحكيم في السجن إلى يوم 7 حزيران / يونيو من سنة 1991 [3]
[عدل] مؤلفاته
المحكم في اصول الفقه، وهو دورة في علم الأصول كاملة وموسعة، تشتمل على ستة مجلدات، اثنان منها في مباحث الألفاظ والملأزمات العقلية، ومجلدان في مباحث القطع والأمارات والبراءة والاحتياط، ومجلدان في الاستصحاب والتعارض والاجتهاد والتقليد
مصباح المنهاج وهو فقه استدلالي موسع على كتاب (منهاج الصالحين)، وقد أكمل منه إلى الآن خمسة عشر مجلداً، في الاجتهاد والتقليد، وكتاب الطهارة، وكتاب الصوم، وكتاب الخمس ـ كتبه في فترة الاعتقال القاصية ـ وكتاب المكاسب المحرمة
الكافي في اصول الفقه: دورة في تهذيب علم الأصول، بدأ بها في فترة الاعتقال، اقتصر فيها على البحوث المهمة في علم الأصول، طبع في مجلدين.
كتاب في الأصول العملية، كتبه اعتماداً على ذاكرته في فترة الاعتقال لم يكن بين يديه أي مصدر، ودرّس الكتاب نفسه آنذاك، ولكنه أتلف في فترة الاعتقال للخشية في العثور عليه حيث تسربت أخبار بوجود حملة تفتيش وكان العثور عليه قد يؤدي إلى الإعدام.
حاشية موسعة على رسائل الشيخ الأنصاري مهيئة للطبع في ستة مجلدات.
حاشية موسعة على كفاية الأصول، كتبها أثناء تدريسه الخارج على الكفاية في خمسة أجزاء.
حاشية موسعة على المكاسب، كتبها أثناء تدريسه خارج المكاسب، تقع في مجلدين، إلى مباحث العقد الفضولي.
تقريرات درس الإمام السيد الحكيم في كتب: النكاح، والمزارعة، والوصية، والضمان، والمضاربة، والشركة.
تقريرات بحث أستاذه الشيخ الحلي في علم الأصول.
تقريرات بحث أستاذه الشيخ الحلي أيضاً، في الفقه.
تقريرات بعض ما حضره عند آية الله العظمى السيد الخوئي.
رسالة عملية في فتاواه، في العبادات والمعاملات وفي ثلاثة أجزاء بعنوان (منهاج الصالحين).
مناسك الحج والعمرة.
رسالة موجهة للمغتربين.
رسالة موجهة للمبلغين وطلاب الحوزة العلمية وقد ترجمت إلى اللغة الفارسية والأردو.